John Ernest Walker (né le 7 janvier 1941 à Halifax) est un chimiste et biologiste moléculaire britannique qui obtint en 1997, conjointement avec Paul Delos Boyer et Jens Christian Skou le prix Nobel de chimie pour son travail sur l'adénosine triphosphate.
John Ernest Walker est né en 1941 à Halifax dans le Yorkshire. Il étudia à l'université d'Oxford et il y passa son doctorat en 1969. En 1974, il commença à travailler au Medical Research Council Laboratory of Molecular Biology de l'université de Cambridge et exerce encore là-bas en tant que chercheur sénior depuis 1982. Il est membre de la Royal Society depuis 1995.
Comme ses collègues Skou et Boyer, John Ernest Walker orienta avant tout ses recherches sur les enzymes qui catalysent le travail de l'adénosine triphosphate, le principale fournisseur d'énergie du métabolisme dans l'organisme. Il s'est surtout concentré avec Boyer sur la synthèse del'ATP par l'enzyme ATP synthase. Celle-ci fabrique l'ATP à partir de l'adénosine diphosphate et d'un atome de phosphate qu'elle lie ensemble. Dans les années 1980, Boyer présenta un modèle sur la manière dont l'ATP synthase pouvait fabriquer l'ATP. Pour son modèle Boyer se basa sur des données d'analyses biochimiques. John Ernest Walker confirma l'exactitude du modèle par des analyses structurales de l'enzyme.
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